Naast o.a. een boek over geografie heeft Glareanus 2 werken besteed aan de muziek.
Als eerste 'Isagoge in Musicen' (1516). Hierin worden de beginselen van de muziek behandeld, waarschijnlijk werd het boek gebruikt voor het muziekonderwijs.
Zijn belangrijkste werk is de 'Dodecachordon' (letterlijk: 12-snarig instrument), uitgegeven in 1547 in Basel.
Het is een omvangrijk werk met verhandelingen over filosofie, biografieën en muziektheorie, in 3 delen met 120 complete composities van componisten uit voorgaande generaties.
Het eerste deel is gewijd aan met een studie over Boethius die in de 6e eeuw uitgebreid over muziek heeft geschreven. Het middendeel beschrijft het gebruik van de modi (kerktoonladders) in het Gregoriaans en monofony. Het laatste deel bevat een uitgebreide studie van het gebruik van de modi in de polyfone muziek.
Het belangrijkste onderdeel uit de Dodecachordon is Glareanus' veronderstelling dat er eigenlijk 12 modi zijn i.p.v. de tot dan toe aangenomen 8, zoals weergegeven in onderstaand overzicht.

Er bestonden 8 Middeleeuwse (modale) toonladders, onderverdeeld in 4 hoofdtoonsoorten (authentiek) met elk een afgeleide toonsoort (plagaal). De toonsoort wordt bepaald door de eindtoon (finalis) en de toonomvang(ambitus). De namen van de toonladders zijn (foutief, want in een andere volgorde, ook het toonsysteem zelf komt hiermee niet overeen) afgeleid van de antieke griekse echoii. De toonladders worden gevormd door de witte toetsen op een klavier te volgen binnen de ambitus.

vroege
indeling

latere
indeling
naam
ambitus
(omvang)
finalis
(eindtoon)
dominant
1e kerktoonsoort Protus authentiek
I
dorisch d-d d a
Protus plagaal
II
hypo-dorisch a-a d f
2e kerktoonsoort Deuterus authentiek
III
phrygisch e-e e c
Deuterus plagaal
IV
hypo-phrygisch b-b e a
3e kerktoonsoort Tritus authentiek
V
lydisch f-f f c
Tritus plagaal
VI
hypo-lydisch c-c f a
4e kerktoonsoort Tetrardus authentiek
Tetrardus plagaal
VII
VIII
mixolydisch
hypo-mixolydisch
g-g
d-d
g
g
d
c
door Glareanus toegevoegd:          
(a-a is gelijk aan de authentieke mineurtoonladder)
IX
X
aeolisch
hypo-aeolisch
a-a
e-e
a
a
e
c
(c-c is gelijk aan de majeurtoonladder)
XI
XII
ionisch
hypo-ionisch
c-c
g-g
c
c
g
e
           
Naast deze 12 modi gaf Glareanus nog 2 verdere toonladders hun naam:
hyper-aeolisch
authentiek
b-b
b
hyper-phrygisch
plagaal
f-f
b

Hij verwierp deze toonladders echter als onpraktisch vanwege de verminderde kwint b-f. Later werden deze hernoemd in lokrisch en hypo-lokrisch.
De dominant is de toon die leidt naar de finalis. In ons huidige systeem kennen we een dergelijke verbinding ook nog tussen de 5e toon (dominant) en de 1e toon van een toonladder.
De Dodecachordon was een invloedrijk werk, latere theoretici namen het systeem van 12 modi over. In de huidige tijd is het verschil tussen de plagale en de authentieke vorm van de modi niet meer gebruikelijk en zijn er 6 overgebleven (7 indien lokrisch wordt meegerekend).